Masalah Irian Barat menjadi salah satu isu politik luar negeri yang terus membebani kabinet Republik Indonesia pada masa Demokrasi Terpimpin. Ketegangan hubungan Indonesia dan Belanda pun meningkat hingga Indonesia memutuskan hubungan diplomatik dengan Kerajaan Belanda pada 17 Agustus 1960.
Dalam pidatonya di depan Sidang Majelis Umum Perserikatan Bangsa-Bangsa (PBB) pada 30 September 1960, Presiden Soekarno kembali menegaskan sikap Indonesia untuk mengembalikan Irian Barat ke pangkuan RI. Pidato tersebut berdampak pada dibukanya kembali perdebatan mengenai Irian Barat di PBB.
Dari perdebatan itu muncul usulan agar Belanda menyerahkan kedaulatan Irian Barat kepada Republik Indonesia melalui PBB dalam waktu dua tahun. Usulan tersebut disampaikan oleh wakil Amerika Serikat di PBB, Ellsworth Bunker. Pemerintah Indonesia pada prinsipnya menyetujui usulan itu, namun menginginkan tenggat waktu yang lebih singkat. Sementara itu, pemerintah Belanda lebih menghendaki pembentukan negara Papua terlebih dahulu.
Menanggapi sikap Belanda, Presiden Soekarno menyatakan pendekatan “Politik Konfrontasi disertai dengan uluran tangan. Palu godam disertai dengan ajakan bersahabat”. Namun, setelah upaya merebut kembali Irian Barat melalui diplomasi serta konfrontasi politik dan ekonomi dinilai tidak berhasil, pemerintah RI kemudian menempuh jalur lain, yakni konfrontasi militer.
Dalam persiapan kekuatan militer untuk merebut kembali Irian Barat, pemerintah RI mencari bantuan persenjataan dari luar negeri. Upaya awal dilakukan kepada negara-negara Blok Barat, khususnya Amerika Serikat, tetapi tidak menghasilkan dukungan yang memuaskan. Pemerintah kemudian mengalihkan langkah tersebut ke negara-negara Blok Timur (komunis), terutama Uni Soviet.
Dengan demikian, latar belakang operasi militer pembebasan Irian Barat berangkat dari situasi ketika Belanda ingin tetap menguasai wilayah tersebut dan menghendaki pemisahan Irian Barat dari wilayah NKRI.
