Hubungan Indonesia dan Timor Leste setelah referendum 1999 menjadi salah satu bab paling rumit di Asia Tenggara. Di satu sisi, muncul tuntutan keadilan atas pelanggaran HAM berat yang terjadi selama hampir seperempat abad integrasi dan terutama pasca-jajak pendapat 1999. Di sisi lain, kedua negara menghadapi kebutuhan menjaga stabilitas politik, hubungan bilateral, dan masa depan masing-masing. Dalam situasi tersebut, Indonesia dan Timor Leste memilih langkah yang tidak lazim: menolak internasionalisasi kasus dan menempuh jalur rekonsiliasi melalui Komisi Kebenaran dan Persahabatan (KKP).
Pilihan ini disebut lahir dari kalkulasi politik dan diplomasi intensif, dengan peran tokoh-tokoh kunci Indonesia seperti Jusuf Kalla, Hassan Wirajuda, dan Susilo Bambang Yudhoyono, serta mitra mereka di Timor Leste seperti Xanana Gusmão, José Ramos-Horta, dan Mari Alkatiri.
Tekanan internasional menguat pada akhir 2004 ketika Sekretaris Jenderal PBB saat itu, Kofi Annan, mengusulkan pembentukan Commission of Experts (CoE) untuk mengevaluasi efektivitas Pengadilan HAM ad hoc Indonesia terkait kasus Timor Timur. Usulan ini dipandang bukan sekadar evaluasi teknis, melainkan berpotensi membuka jalan bagi mekanisme internasional yang lebih luas, termasuk kemungkinan proses di bawah rezim Statuta Roma.
Notulensi rapat 12 Desember 2004 yang dipimpin Wakil Presiden Jusuf Kalla mencatat kekhawatiran pemerintah Indonesia bahwa rekomendasi negatif dari CoE dapat memperbesar tekanan untuk membawa kasus ke Mahkamah Pidana Internasional. Dalam skenario itu, disebutkan tidak kurang dari 401 perwira TNI dan aparat kepolisian berpotensi menghadapi proses hukum internasional, dengan konsekuensi hukum, politik, dan kedaulatan negara. Namun, penolakan terhadap inisiatif PBB juga dinilai berisiko memicu boikot diplomatik, tekanan di forum multilateral, serta melemahkan posisi tawar Indonesia dalam kerja sama internasional. Karena itu, strategi yang dipilih tidak berhenti pada penolakan, melainkan menawarkan alternatif yang dinilai kredibel.
Strategi kunci Indonesia adalah memastikan Timor Leste tidak mendukung internasionalisasi kasus. Jika kedua negara sepakat menyelesaikan masalah secara bilateral, legitimasi intervensi PBB dinilai akan melemah. Dalam konteks ini, diplomasi menjadi penentu. Menteri Luar Negeri Hassan Wirajuda disebut berperan penting merancang pendekatan yang mempertimbangkan kepentingan negara sekaligus sensitivitas historis dan psikologis masyarakat Timor Leste, termasuk melalui jalur diplomasi tidak resmi.
Notulensi rapat 12 Desember 2004 juga mencatat penugasan kepada Fanny Habibie untuk melakukan pendekatan langsung kepada para pemimpin Timor Leste sebelum pertemuan resmi dengan Presiden Indonesia. Dengan pengalaman diplomasi internasional dan kedekatan personal dengan Xanana Gusmão, Ramos-Horta, dan Alkatiri, ia disebut membantu membangun kepercayaan awal. Sementara itu, Hafid Abbas—yang saat itu menjabat Direktur Jenderal HAM—disebut berperan sebagai penghubung strategis di internal pemerintah Indonesia sekaligus membangun jembatan dengan komunitas internasional, termasuk menghadirkan Robert Evans dan Alice Evans sebagai mediator dan penasihat internasional dalam proses KKP.
Keterlibatan Robert Evans dan Alice Evans dari Plowshares Institute dan Hartford International University for Religion and Peace disebut memperkuat legitimasi global serta memperkaya pendekatan rekonsiliasi melalui pengalaman komisi kebenaran di berbagai negara. Dalam catatan yang sama, disebutkan Hafid Abbas kemudian menerima gelar Doktor Kehormatan (Honoris Causa) dari Hartford International University for Religion and Peace pada 30 Mei 2008, dengan Robert Evans sebagai promotor, sebagai bentuk apresiasi atas kontribusinya.
Di Timor Leste sendiri, dinamika politik disebut tidak sederhana. Ada faksi-faksi berbeda, termasuk kelompok yang mendorong penyelesaian lewat mekanisme internasional, dengan dukungan sejumlah negara seperti Portugal dan Selandia Baru. Dalam situasi tersebut, kepemimpinan Xanana Gusmão, Ramos-Horta, dan Alkatiri disebut diuji untuk menyeimbangkan tuntutan keadilan di dalam negeri dengan kebutuhan menjaga hubungan baik dengan Indonesia. Pilihan mereka membuka ruang rekonsiliasi menjadi salah satu faktor penentu bagi langkah berikutnya.
Indonesia dan Timor Leste kemudian sepakat membentuk KKP pada 2005. Komisi ini mulai bekerja efektif sejak Mei 2005 hingga penyerahan laporan akhir pada 15 Juli 2008. KKP disebut sebagai komisi bilateral pertama di dunia yang dibentuk dua negara berdaulat untuk menangani konflik masa lalu. Dengan total 16 komisioner dan anggota alternatif dari kedua negara, KKP melakukan investigasi melalui penelitian, pengumpulan dokumen, serta dengar pendapat publik dan tertutup.
Selama sekitar 30 bulan, KKP menggelar pertemuan dan sidang publik yang menghadirkan korban, pejabat pemerintah, aparat militer, serta aktivis HAM dari kedua negara. Proses ini digambarkan tidak mudah karena perbedaan latar belakang para komisioner, dari mantan pejabat militer hingga pejuang kemerdekaan Timor Leste. Namun, dalam catatan Robert dan Alice Evans, para komisioner disebut “menjadi jembatan rekonsiliasi yang mereka cari”, tidak hanya mengejar kebenaran faktual tetapi juga membangun saling pengertian dan kepercayaan.
Hasil kerja KKP dituangkan dalam laporan akhir berjudul Per Memoriam ad Spem (“Mengenang Masa Lalu untuk Meraih Harapan”). Laporan itu memuat sejumlah temuan: KKP mengakui pelanggaran HAM berat terjadi, terutama menjelang dan setelah referendum 1999; menyimpulkan tanggung jawab terbesar berada pada institusi negara Indonesia sambil juga mengakui keterlibatan aktor-aktor lain; serta menegaskan tidak merekomendasikan amnesti.
Pendekatan yang ditekankan KKP adalah restorative justice, dengan fokus pada pemulihan korban, pengakuan kebenaran, reformasi institusi, dan pembangunan hubungan berkelanjutan antara kedua negara. Rekomendasi KKP mencakup program rehabilitasi korban, pelatihan HAM bagi aparat keamanan, pembentukan zona damai lintas batas, serta pendirian pusat dokumentasi dan resolusi konflik.
Meski demikian, KKP sejak awal tidak lepas dari kritik. Sejumlah kalangan menilai unsur persahabatan lebih dominan dibanding pengungkapan kebenaran secara menyeluruh, yang tercermin dalam ungkapan “too much friendship and too little truth”. Kritik itu mencerminkan kekhawatiran bahwa keadilan substantif bagi korban belum sepenuhnya terpenuhi.
Namun dalam perspektif waktu yang lebih panjang, mekanisme ini disebut menunjukkan daya tahan, dengan hubungan Indonesia–Timor Leste berkembang relatif stabil tanpa beban konflik terbuka terkait masa lalu. Dalam konteks itu, Hafid Abbas memberikan testimoni personal bahwa KKP, dengan segala keterbatasannya, merupakan pilihan solusi terbaik yang dapat dicapai kedua negara pada saat itu—bukan solusi sempurna, tetapi yang paling realistis dan kontekstual.
Proses KKP juga disebut mendapat dukungan fasilitator internasional lain, termasuk David Cohen dari University of California Berkeley sebagai penasihat. Mereka dipandang membantu menjaga kredibilitas proses, memberi perspektif komparatif, dan mendorong standar internasional dalam hasil akhir. Seiring waktu, laporan KKP disebut memperoleh pengakuan lebih luas, termasuk dari organisasi HAM internasional yang sebelumnya skeptis, dan Sekretaris Jenderal PBB pada akhirnya menyebutnya sebagai langkah penting menuju keadilan dan rekonsiliasi.
Pada akhirnya, keputusan Indonesia dan Timor Leste menempuh jalur KKP diposisikan sebagai langkah strategis yang tidak hanya menyasar penyelesaian masalah bilateral, tetapi juga menawarkan pelajaran bagi praktik penyelesaian konflik. Dalam narasi tersebut, peran kepemimpinan Indonesia—Jusuf Kalla, Hassan Wirajuda, dan Susilo Bambang Yudhoyono—serta keputusan para pemimpin Timor Leste memilih rekonsiliasi, disebut menjadi faktor penting yang memungkinkan proses berjalan hingga laporan akhir diserahkan pada 2008.
